Gerade in den letzten Jahrzehnten ist die Bestandsdichte unserer Fledermäuse drastisch zurückgegangen. Die Ursache dafür liegt wahrscheinlich im Zusammenwirken der folgenden Faktoren:

Verringerung der Nahrung für die Fledermäuse
Aufgrund der Insektizidanwendungen und anderer Maßnahmen (Abholzen der Feldgehölze, Vernichtung von Hecken, Zerstörung von Feuchtgebieten) wird das Nahrungsangebot der Fledermäuse stark reduziert.

Zerstörung gewohnter Quartiere
Fledermäuse sind sehr wohnortstreu und kehren immer wieder in die selben Sommer-, vielfach auch Winterquartiere zurück. Durch waldbauliche Maßnahmen (Fällen hohler Bäume) oder Abriss von Gebäuden, Renovierungen von Kirchen usw. werden immer wieder Fledermaussommerquartiere zerstört. Aus Sicherheitsgründen wurden und werden viele Stollen und Gewölbe für Fledermäuse unpassierbar mit Mauern oder Stahltüren verschlossen. Auch gehen durch "Höhlentourismus" Winterquartiere für die Fledermäuse verloren.

Giftbelastung der Fledermäuse durch Insektengifte in der Nahrung
Die einheimischen Fledermäuse ernähren sich ausschließlich von Insekten. Diese werden jedoch immer wieder mit Insektiziden bekämpft. Fledermäuse nehmen dieses Gift mit der Nahrung zu sich und speichern es in ihrem Körperfett. Das Gift vermindert nicht nur die Lebenserwartung und die Vermehrungsrate der Fledermäuse, sondern kann auch direkt zum Tod der Tiere führen.

Holzschutzimprägnierungen
Holzschutzmittel sind als Kontaktgifte an den Hangplätzen auch für Fledermäuse schädlich.

Direkte Tötung durch den Menschen
Noch immer werden Fledermäuse von abergläubischen Menschen getötet oder als "hässliche, nutzlose, unheimliche Wesen" dem Verhungerungstod ausgesetzt. Unsere Fledermäuse sind jedoch äußerst nützliche Insektenvertilger und keine blutsaugende Vampire.

Biologische Faktoren
Fledermäuse bringen meist nur ein Junges (manchmal auch zwei) pro Jahr zur Welt und werden erst im 2. Jahr geschlechtsreif. Sie haben damit eine geringe Reproduktionsrate, was normalerweise mit der relativ hohen Lebenserwartung ausgeglichen wird (10 - 18 Jahre, in Ausnahmefällen über 30 Jahre). Jedoch kann die Störung einer Sommerkolonie schon den Ausfall des Nachwuchses eines gesamten Jahres bedeuten. Klimatische Faktoren (Regenperioden, Kälteeinbrüche) können ebenso zum Ausfall der Nachkommenschaft führen.